Третью неделю не можем отправить закрывающие акты контрагентам. Система выдаёт ошибку на этапе подписания, причём только по части документов. Формат файлов одинаковый, сертификат действующий. В чём может быть причина, кто сталкивался с таким?

У меня было то же самое, оказалось дело в истёкшем корневом сертификате удостоверяющего центра, который просто не обновился автоматически. Переустановил вручную, и всё пошло, хотя сам сертификат ЭП при этом был совершенно рабочим. Проверьте цепочку доверия в хранилище сертификатов Windows, не только личный.

Скорей всего корпоративный прокси-сервер блокирует запросы к серверу проверки статуса сертификатов по протоколу OCSP, из-за этого подпись не проходит валидацию. СБИС это проверяет автоматически при каждой отправке, так что порт 80 должен быть открыт. К примеру, тут почитайте инфу про эту систему https://www.cleverence.ru/articles/auto-busines/sbis-chto-eto-za-programma-dlya-chego-nuzhna-sistema-sbis