Последний месяц наблюдаю наплыв спама через формы, даже те, которые защищены Captcha
Формы эти задействуют Freeform.

У кого возникали данные проблемы и кто как боролся с этим?

Относится как к ЕЕ2, так и к ЕЕ1, обе системы спамят.

Akismet попробуй

Кто-нибудь пробовал использовать скрытые поля в форме.
Т.е  скрытое поле для определения спам роботов.
Механизм работы:
человек поле не видит - не заполняет - проходит регистрацию
робот поле видит - заполняет - не проходит
Вроде как вообще без капчи делают регистрацию.