Я не уверен, что будет работать, т.к. слету писал, и не претендую на идеальный быстрый запрос, но... 
{exp:query sql="SELECT cm.comment
FROm exp_weblog_titles AS wt, exp_category_posts AS cp, exp_categories AS ct, exp_comments AS cm
WHERE wt.weblog_id = 1 AND ct.cat_id != 5
AND cp.entry_id = wt.entry_id AND cm.entry_id = wt.entry_id AND ct.cat_id = cp.cat_id
GROUP BY cm.comment_id"}
{comment}
{/exp:query}
Либо можно собрать entry_id определнной категории и передать из в comment:entries
Вообщем варианты есть
