Это жесть.
Работаю со structure 2 и EE 1.6.8.
Они там вообще, что делают. В каждой новой версии - новые баги.
Причем, ну такие - которые не заметить невозможно.

Была куча проблем с пагинацией. Сейчас она впринципе не работает. Уже версии 2 точно.
В версии - 2.2.5 - она впринципе не работала. Не показывалась - вообще.

Теперь все еще более забавно. В 2.2.6 она все равно не работает. Но теперь там нельзя и менять порядок пунктов меню.
Вот это как можно не заметить? Я правда не могу понять. Как можно не заметить при тестировании таких вещей.

Я более чем уверен, что во 2-ой версии EE все отлично. Но они до сих пор не сделали возможности обновиться пользователям structure 1.8.6 на 2-ую.

Насчет пагинации не знаю, но порядок пунктов меню - если имеется в виду перетаскивание в дереве структуры - то лечится откатом на более раннюю версию jquery в ядре EE.
Насчет версии EE 1 - Точно не скажу (почитай саппорт структуры) а вот для EE2 откат нужен до 1.4

Я просто откатился на предыдущую версию стракчи - все работает.
Про пагинацию они в суппорте, кстати, молчат.

можно попробовать обновиться хотя бы до 1.6.9