Как сделать, чтобы ссылки в новостях принимали вид. мой_сайт?URL=сылка
Знаю, что такое есть в возможностях движка, но запамятовал где.

Я так понимаю,  через панель управления можно изменять в указанный выше вид ссылки опубликованные пользователями в комментариях.
http://eeclub.ru/forum/viewthread/636/

Для ссылок в новостях, я так думаю, нуже какой-то дополнительный плагин поиска и замены.

А вот и ссылочка на плагин http://expressionengine.com/downloads/details/find_and_replace/