Что-то никак не пойму, как работать с категориями. Получается, что в ЕЕ можно либо /site/С12 либо /category/article/.

Хочеся, например, вот такое:

Info                                     mysite.com/info/
Info -> Copyright                         mysite.com/info/copyright/
Info -> Terms of Use                       mysite.com/info/terms-of-use/
Info -> Privacy                               mysite.com/info/privacy/
Info -> Certificates                         mysite.com/info/certificates/
Info -> Certificates -> Company1   mysite.com/info/certificates/company1/
Info -> Certificates -> Company2   mysite.com/info/certificates/company2/
...
Info -> Certificates -> CompanyN   mysite.com/info/certificates/company2/

У меня же получается: mysite.com/category/info/certificates/company1/

Cуществуют ли способы избавления от /category/?

может так:

.htaccess

Можно еще как вариант изменить category на info в  - Панель управления > Admin > Администрирование разделов > Глобальные настройки разделов