При создании новой записи, если используется entry_id, папка для изображений создается с номером entry_id + 1 (например запись 20 то папка 21), а при вставке изображений уже в режиме редактирования создается еще одна папка с номером соответствующим номеру записи. При создании следующей записи, соответственно для размещения изображений используеться папка предназначенная для предыдущей и т.д.
В файле ft.ngen_file_field.php заменил $entry[‘entry_id’] = $entry[‘entry_id’]->row[‘Auto_increment’]; на $entry[‘entry_id’] = $entry[‘entry_id’]->row[‘Auto_increment’]-1; после этого папки начали соответсвовать номерам записей.