Вообще, параметры по ссылкам передаются после ключевого слова категорий (к примеру на eeclub - category) от него можно избавиться через .htaccess или при выводе использовать плагин Category Id - он позволяет узнавать id по названию. В аттаче.
вообще надо общую задумку видеть. Что вы собираетесь на главной странице располагать(вы же хотите поставить категории сразу после домена - значит обращение будет по умолчанию идти на index), будут ли ваши шаблоны различаться только от категории/подкатегории(2 вида), или же у вас для каждой категории/cубкатегории будет свой шаблон. Если прямо через .htaccess , то там нужно прописывать конкретные названия категории с внутренним перенаправлением на нужные страницы. Или сделать расширенный шаблон индекс файла - если после / ничего нет - выводить home page. Если есть - проверять(самое просто - запросом через модуль query, но есть и плагины) parent это категория или подкатегории, и по результатам подключать разные дизайны.
В общем - путей много, но ваше задание не из того класса, на который можно получить готовый ответ.
пример с categor_id:
{exp:category_id category_group="5" category_url_title="{segment_1}" parse="inward"}
{exp:weblog:entries weblog="weblog" show="{category_id}"}
{/exp:weblog:entries}
{/exp:category_id}
