Мне вот совсем неудобно что при использовании fetch_current_uri в генерируемой ссылке также есть и шаблон.
Например если я делаю сайт на поддоменах то та же пагинация будет:
http://blog.site.ru/blog/P5/ вместо просто http://blog.site.ru/P5/
Ну пагинацию можна решить плагинами, но есть и другие модули, плагини и расширения которые используют fetch_current_uri (lg better meta, tags).
Наверное нужно копаться в core.functions.php :(